פרופ׳ ערן וינר הוא מומחה למיילדות, גינקולוגיה, היריון בסיכון גבוה ומעקבי היריון. החל משנת 2021 הוא מכהן כמנהל אגף נשים ויולדות במרכז הרפואי וולפסון שבחולון. בנוסף לכך, פרופ׳ וינר משמש כפרופסור חבר-קליני בבית הספר לרפואה "סאקלר" שבאוניברסיטת תל אביב.
בסיום התמחותו במרכז הרפואי וולפסון, ביצע פרופ׳ וינר התמחות-על ברפואת האם והעובר, בדגש על היריון בסיכון גבוה בבתי החולים Sunnybrook ו-Mount Sinai המסונפים לאוניברסיטת טורונטו בקנדה.
לצד עבודתו הקלינית, פרופ׳ וינר לוקח חלק במחקרים רפואיים רבים. במהלך השנים כתב ופרסם עשרות מאמרים מקצועיים בתחומי הגינקולוגיה בכלל והיריון בסיכון בפרט. מחקריו של פרופ׳ וינר הוצגו בכנסים ובכתבי עת נחשבים בארץ ובעולם ועבודות מחקר שפרסם אף זכו בפרסי הצטיינות.
פרופ׳ וינר נשוי לד"ר מיה וינר, רופאת נשים בעצמה ולשניים ארבעה בנים.